Un conflicto político suscitado por las fronteras del Sahara Occidental impidió que España y Marruecos ratificaran el Acuerdo de Lisboa tras su firma en octubre de 1990. Una vez solventada la controversia sobre el artículo afectado y ratificado el Acuerdo por parte del Reino de España, corresponde ahora a la Comunidad celebrar dicho Protocolo. El acuerdo crea un mecanismo para asegurar la cooperación entre las partes contratantes en caso de accidentes que causen contaminación en las aguas definidas por el Tratado.

Tras el grave vertido de petróleo causado por el buque cisterna Aragón frente a las costas de Madeira en 1990, Portugal promovió el Acuerdo de cooperación para la protección de las costas y de las aguas del Atlántico del Nordeste contra la polución (Acuerdo de Lisboa), que crea un mecanismo para asegurar la cooperación entre las partes contratantes en caso de accidentes que causen contaminación, y las obliga a establecer y aplicar sus propios planes y estructuras de emergencia.

Este acuerdo se aplica a la región nororiental del océano Atlántico, definida por la frontera exterior de la zona económica exclusiva de cada Estado contratante, y por las fronteras de otros acuerdos regionales, como el Acuerdo sobre la cooperación en materia de lucha contra la contaminación del Mar del Norte por hidrocarburos y otras sustancias peligrosas (Acuerdo de Bonn) y el Convenio para la protección del mar Mediterráneo contra la contaminación (Convenio de Barcelona).

Pese a que el Acuerdo de Lisboa fue firmado el 17 de octubre de 1990 por Portugal, España, Francia, Marruecos y la Comunidad Europea, y posteriormente ratificado por Portugal, Francia y la Comunidad Europea, un conflicto político por las fronteras del Sahara Occidental impidió que España y Marruecos ratificaran el Acuerdo. La base jurídica que impidió la ratificación se centraba en el artículo 3, letra c), en el que se establecía lo siguiente: «al Sur, por el límite sur de las aguas dependientes de la soberanía o de la jurisdicción del Reino de Marruecos.».

Tras llegarse a un acuerdo sobre un Protocolo adicional que modifica dicho artículo del Acuerdo de Lisboa, el Protocolo fue firmado por Portugal, España, Francia y Marruecos el 20 de mayo de 2008, en Lisboa y la Comunidad fue invitada a firmar el Protocolo junto con las demás partes contratantes.

La Decisión del Consejo relativa a la firma, en nombre de la Comunidad Europea, del Protocolo adicional relativo al Acuerdo de cooperación para la protección de las costas y de las aguas del Atlántico del Nordeste contra la polución se adoptó el 12 de diciembre de 2008, y la Presidencia checa y el jefe de la Representación de la Comisión Europea en Portugal firmaron, en nombre de la Comunidad Europea, el Protocolo adicional el 25 de marzo de 2009.

Es por tanto que se ha publicado la prpuesta de Decisión del Consejo relativa a la celebración, en nombre de la Comunidad Europea, del Protocolo adicional relativo al Acuerdo de cooperación para la protección de las costas y de las aguas del Atlántico del Nordeste contra la polución (COM(2009) 436 final).