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Reconstruyen el transcriptoma de la encina

  • El genoma es el contenido de ADN que incluye la información genética esencial para la vida. El transcriptoma, por su parte, incluye solo los genes que se expresan.

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Los árboles de encina han tenido una gran cantidad de aplicaciones a lo largo de sus cientos de miles de años de historia y actualmente suponen uno de los principales recursos ganaderos en las dehesas. El grupo de investigación AGR-164 de la Universidad de Córdoba, liderado por Jesús V. Jorrín Novo, ha secuenciado el transcriptoma de la encina, una especie forestal emblemática, lo cual supone un punto de partida importante para entender su respuestas a situaciones de estrés y otros aspectos de su biología.

El genoma es el contenido de ADN que incluye la información genética esencial para la vida. El transcriptoma, por su parte, incluye solo los genes que se expresan. En otras palabras, si el genoma es la biblioteca que contiene los datos de un individuo, el transcriptoma es la parte que se lee, y puede ofrecer pistas sobre la función de los genes. Precisamente, el trabajo de investigación, publicado en la revista PLOS ONE, ha reconstruido este transcriptoma, que no se conocía anteriormente, combinando dos métodos distintos de secuenciación de ADN y tres programas para ensamblar los datos, una metodología menos habitual y que ha sido puesta en marcha con el objetivo de mejorar los resultados.

Reconstruyen el transcriptoma de la encina

Se trata de extenso trabajo de bioinformática en el que finalmente se han generado Más de 34000 transcritos anotados. Esta metodología, que ha demostrado ser eficaz, podría usarse en otros organismos no modelo. La encina es una especie forestal para la cual no había estudios previos a nivel molecular ni genomas de referencia. Ahora, gracias a este estudio, “hemos obtenido una primera aproximación del genoma”, destaca Víctor Guerrero, otro de los investigadores principales del trabajo.

Toda esta información generada podría servir para abordar nuevos trabajos de investigación que estudien el comportamiento molecular de este árbol frente a distintas situaciones de estrés, como, por ejemplo, la enfermedad de La Seca, una problemática que está causando una elevada mortandad en este tipo de árboles y que ya ha sido bautizada como el “cáncer de la dehesa”.

Esta especie forestal se reproduce mediante polinización cruzada, por lo que posee una amplia variabilidad genética. El conocimiento de su transcriptoma podría ayudar a comprender por qué algunos ejemplares son superiores a otros desde el punto de vista de la supervivencia y qué genes o mecanismos moleculares están implicados en distintas situaciones como la germinación, la resistencia a la sequía o la calidad e las bellotas, algo que podría ser tenido en cuenta a la hora de desarrollar futuros planes de reforestación. "Aún queda trabajo por delante, aunque este estudio nos sitúa más cerca de esta gran desconocida a nivel molecular”, concluye Jorrín Novo.

Referencia bibliográfica:

Ion Torrent and lllumina, two complementary RNA-seq platforms for constructing the holm oak (Quercus ilex) transcriptome.PLoS One. 2019 Jan 16;14(1):e0210356. doi: 10.1371/journal.pone.0210356. eCollection 2019.

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Para más información: Agencia sinc

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