Mucho se ha debatido respecto a si los alimentos orgánicos son más saludables que los convencionales.
La doctora Eva Novotny, miembro de la organización Scientist for Global Responsability, asegura que los alimentos orgánicos son más ricos en minerales y vitaminas, y que están relativamente libres de químicos y aditivos perjudiciales.
Sin embargo, otras investigaciones, como las de Alan Dangour, publicadas en la renombrada American Journal of Clinical Nutrition, concluyen que la calidad de ambos orígenes en frutas, verduras, lácteos, huevos y carne es similar respecto a la calidad de nutrientes, vitaminas, calcio y hierro.
En contraparte, el Institute of Science in Society, de Gran Bretaña, responde en favor de la alimentación orgánica. Uno de sus estudios realizado a la leche de vacas que comieron pasto fresco y pastura de trébol libre de fertilizantes, encontraron que el líquido obtenido tenía un 50% más de vitamina E, 75% más de betacarotenos y de dos a tres veces más de los antioxidantes luteína y zeaxantina.