Dentro de la Campaña Horizontes Natura 2000 que está desarrollando SEO/BirdLife para la promoción de la Red Natura 2000 y sus oportunidades de desarrollo sostenible, se celebraron distintas reuniones de expertos, de técnicos de las administraciones públicas y sectores implicados en la gestión de estos espacios, que dieron como resultado una nueva versión de este manual, con directrices para toda la Red Natura 2000 y medidas especiales para poner en marcha en las ZEPA. Entre los contenidos se indican las obligaciones que marcan las directivas europeas y la legislación básica española; se hace referencia a los pasos que se necesitan para la aprobación de los instrumentos de gestión y los puntos mínimos que se deben de contemplar para el mantenimiento del estado de conservación de los hábitats y las especies por los que se declaró la Red Natura 2000. Además hay que hacer mención particular a la inclusión de un detallado listado de medidas especiales para llevar a cabo en las ZEPA en función de los tipos de hábitats y especies de aves presentes y la evaluación del grado de conocimiento que se tiene sobre las aves en relación a la selección de hábitat, la biología y las amenazas de estas especies, aspectos básicos a conocer para asegurar la correcta elección y aplicación de medidas de conservación.
SEO/BirdLife considera que en la redacción de los planes de gestión es imprescindible contar con el asesoramiento científico para elegir las mejores medidas y la participación pública de todos los sectores implicados. Además considera imprescindible que todos los planes cuenten con un apartado económico que garantice la operatividad de los mismos.