En la actualidad la rata de agua se encuentra catalogada como vulnerable en el Libro Rojo de los Mamíferos de España, siendo la destrucción y alteración del hábitat y la introducción de depredadores exóticos, como es el caso del visón americano, los principales factores de amenaza
En total se han muestreado 202 puntos distribuidos en los territorios de Álava (91 puntos), Bizkaia (61) y Gipuzkoa (50). En 44 de esos puntos se obtuvo un resultado positivo, encontrando la presencia de la rata de agua en el centro y sur del territorio (Álava y Sur de Bizkaia), pero siendo muy escasa en la vertiente cantábrica.
Comparando los resultados obtenidos con la información recogida en 1985, se observa una distribución más regular y uniforme de la especie en la zona centro y sur del territorio, aunque su presencia ha desaparecido o se ha rarificado en las zonas costeras de la vertiente cantábrica, donde sí habitaba históricamente.
Las razones de este enrarecimiento pueden asociarse a la pérdida de hábitats, la alternación de riberas y la contaminación de aguas.
