Abarca los municipios de Acaponeta, Rosamorada, Santiago Ixcuintla, Tecuala y Tuxpan, en el estado de Nayarit, y destaca por albergar uno de los sistemas de humedales de mayor relevancia en la costa del Pacífico Mexicano, ya que contiene una gran biodiversidad debido a su extensión, estructura, productividad y estado de conservación. Por lo anterior, está reconocido como Sitio Ramsar, es decir, humedal de importancia internacional.
En la zona nayarita de Marismas Nacionales la mezcla de aguas marinas y dulces forma cuerpos lagunares costeros considerados como los más productivos del noroeste del país, y funciona como un corredor biológico de gran importancia para el refugio, alimentación y reproducción de aves residentes y migratorias, con reconocimiento de Sitio de Importancia Internacional para las Aves.
Entre las especies de flora endémicas de esta reserva las hay con estatus de amenazadas, sujetas a protección especial o en peligro de extinción, enlistadas en la NOM-059-SEMARNAT-2001. Destacan el mangle rojo (Rhizophora mangle), el mangle negro (Avicennia germinans), el mangle botoncillo (Conocarpus erectus) y el mangle blanco (Laguncularia racemosa).
Esta región es también hábitat de cerca de 240 especies de vertebrados, entre ellos el jaguar, una de sus especies emblemáticas; el jaguarundi, ocelote, cocodrilo de río, además de cuatro especies de tortugas marinas: blanca, laúd, carey y golfina.
Como parte de su estrategia de manejo la Reserva ha impulsado proyectos de conservación y desarrollo sustentable con comunidades y ejidos (Mexcaltitán y Toromocho); cooperativas pesqueras y ostioneras (Ostricamichin y Ostioneros de Villa Juárez); proyectos de turismo de naturaleza y educación ambiental con propietarios privados y empresas familiares (Ecomata y Finca Ecológica La Papalota), grupos de vigilancia comunitaria para la operación de campamentos tortugueros y protección del jaguar (Amigos del Jaguar, Campamentos Tortugueros de Los Corchos, El Sesteo y La Puntilla), por citar algunos ejemplos.
Marismas Nacionales fue declarada Reserva de la Biósfera el 12 de mayo de 2010.
