El tratamiento del agua residual supuso a los navarros 27,16 millones de euros, en concepto de canon de saneamiento, que se cobra a través del recibo del agua y que se dedica íntegramente a la financiación del Plan Director de Saneamiento. En 2010, el 48% de lo recaudado se destinó a la operación de las instalaciones, el 18% a dotar el fondo de reposición –para actuaciones extraordinarias en las plantas en funcionamiento–, el 16% para las estructuras operativas tanto de NILSA como de las entidades locales, el 8% a la cofinanciación de obras, el 5% a equilibrar los resultados financieros, el 3% al canon de control de vertido y el 2% restante para el control de vertidos industriales.
La explotación de las instalaciones tiene un coste medio de 15,49 euros por habitante censado. El gasto directo en 2010 fue de 9,87 millones de euros, con una reducción de casi el 3% respecto al año anterior. No obstante, la operación y mantenimiento de las plantas es el mayor gasto al que el Plan Director de Saneamiento debe hacer frente, ya que en el ámbito de las obras las inversiones han disminuido considerablemente. Así, en 2010, las obras en régimen de cooperación con las entidades locales supusieron una inversión de 4,06 millones de euros y las de gestión directa por parte de las entidades locales algo más de medio millón de euros.
En este apartado se incluye la construcción de colectores a depuradoras ya existentes desde núcleos que antes no estaba conectados, como ha sido el caso de Oteiza, Aberin, Muniain, Morentin, a la depuradora de Estella; Alli, a la depuradora de Lekunberri y los barrios de Baikolar y Zuntaipe en Alsasua. En 2010 también se culminaron las obras de Gorriti y se iniciaron las de Arraioz, Sunbilla y Valle de Lónguida (remodelación y ampliación de la depuradora para Aoiz, Aós y Ecay). En cuanto a las obras de gestión directa, están en ejecución Ayegui, Olleta y Gallipienzo. Buñuel, Dantxarinea, Redín y Ulibarri están todavía en tramitación administrativa. Por su parte, las obras de cooperación obligaron a la ocupación de 141 fincas particulares con cuyos propietarios se alcanzaron acuerdos amistosos en un 91% de los casos. En este capítulo, cabe destacar que las aportaciones de los planes de infraestructuras locales del Gobierno de Navarra ascendieron a 2,74 millones de euros.
Por otra parte, hay que subrayar que el tratamiento del agua residual ha supuesto que se produjeran 10.589 toneladas de biosólidos (materia seca), que se han reutilizado como enmienda orgánica o fertilizante en la agricultura. Desde 2006 los lodos generados en las instalaciones son tratados para higienizarlos a través de una digestión anaerobia mesófila (sin oxígeno y a altas temperaturas), en línea con las directivas comunitarias que actualmente están en tramitación.
La depuración en Navarra asegura, en resumen, que los cauces fluviales reciban al día 213 millones de litros libres de contaminación orgánica, con calidad suficiente para garantizar la vida piscícola y la conservación de los ecosistemas. Las depuradoras han eliminado de media en 2010 un 96,4% de la contaminación afluente y tratan una contaminación asimilable a 1,38 millones de habitantes, lo que supone más del doble de la población censada. Esto se debe a que las instalaciones también reciben agua sucia de otros orígenes –principalmente industrial– garantizando su resultado final y una calidad acorde con la normativa española y europea.