En España, al menos 39 ciudades de ese tamaño vierten sus aguas residuales sin un tratamiento adecuado en zonas sensibles o potencialmente sensibles desde el punto de vista medioambiental. La Comisión ya envió a España un dictamen motivado en diciembre de 2008 instándola a cumplir los requisitos de la Directiva. Aunque España ha registrado progresos desde entonces, su cumplimiento global sigue siendo deficiente, por lo que la Comisión ha decidido llevar este asunto ante el Tribunal de Justicia de la UE.
En lo que respecta a los planes de gestión de las cuencas hidrográficas, España no ha presentado a la Comisión estos planes para lo que tenía como fecha límite el 22 de diciembre de 2009. El retraso en la presentación de los planes hidrológicos de cuenca pone en peligro el objetivo de la Directiva Marco del agua, que es conseguir su buen estado ecológico y químico para 2015. Según la clasificación de la Directiva, «buen estado» se define como un ligero desvío respecto a las normas de referencia que refleje la inexistencia o el escaso grado de presión humana en lo relativo a la abundancia de flora y fauna acuáticas, la disponibilidad de nutrientes, los niveles de salinidad y temperatura y la presencia de contaminantes químicos preocupantes. Los planes hidrológicos de cuenca aportan una perspectiva global de los principales problemas de cada cuenca hidrográfica y deben constar de las medidas concretas necesarias para conseguir los objetivos de calidad medioambiental.
Además, la Comisión ha pedido a España que tome medidas para mejorar la calidad del agua potable de Las Filipinas, una urbanización situada en San Miguel de Salinas, en la provincia de Alicante. Dicha medida ha sido impuesta por la Comisión puesto que los residentes de esta urbanización llevan más de una década bebiendo un agua impropia para el consumo humano. Pese a las solicitudes hechas al Parlamento Europeo en 2005 y 2006, el primer requerimiento de la Comisión realizado en 2009 y el reconocimiento por las autoridades españolas de que el agua potable local no es apta para el consumo humano, aún no se han tomado medidas prácticas para resolver el problema.